Vincular Javascript en head

[Panino5001]

Lo más probable es que hayas dejado los tags script dentro de tu archivo .js. Si es así, quítalos.
Y no es cierto que tu documento tarde menos en cargar por colocar fuera el código javascript: la realidad es que tardará incluso un poco más, ya que estás forzando un segundo request al servidor. Lo bueno de colocar los scripts en archivos externos no pasa por ahí sino por la posibilidad de reutilizarlos, de hacer más sencillo el mantenimiento de la página y también por la ventaja adicional de que los scripts estarán disponibles en caché para cualquier otra página que los utilice sin necesidad de volver a descargarlos del servidor.