Si haces el php con url's amigables y además haces redirecciones 301 desde las url antiguas (actuales) hacia las nuevas, no tendrás problema.
Yo he cambiado ya bastantes páginas y tan sólo me varió de posiciones 1 (sigo sin saber el por qué), así que es buena proporción para poder asegurarte que funciona en el 90% de los casos al menos :
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