problema con la funcion replace

[zerokilled]

eso porque tienes un parentesis anidado. las subexpresiones crean lo que se conoce como "agrupacion" y se pueden hacer referencias a ellas por un identificador. esa agrupacion se crean sin importar cuan anidados estan. en tu caso, tienes parentesis anidados, ((.|\r)*). el primer par de parentesis refleja todo lo que el segundo par encuentra. en el caso del segundo par de parentesis, refleja solamente un caracter porque estas repitiendo (el asterisco) la subexpresion, pero esa subexpression solamente parea un solo caracter a la vez.

no estoy seguro que es lo que quieras hacer, supongo que es posicionar entre los dos tag el contenido del elemento, en tu ejemplo "aaaaaaaa". si es asi, entonces te corresponde usar la tercera referencia de grupos, $3.