Efectivamente, MediaWiki no tiene panel de administración, y todo lo que quieras configurar se hace fundamentalmente a través del archivo LocalSettings.php. Lo que tienes que hacer es ir consultando en http://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki las diversas cosas que quieras ir cambiando.
En cuanto a la Portada, fuseprods te ha contestado adecuadamente, no son módulos como en otros CMS's, sino que se ha generado a base de código. Si entras a ver el código fuente de la portada de Wikipedia, verás que fundamentalmente emplean:
- Tablas para organizar el contenido. Así ponen unas cosas a la izquierda, otras a la derecha...
- Plantillas para incluir contenido ubicado en otras partes. Asi se crean una especie de módulos que tú comentabas: la página principal sólo organiza el contenido, pero según si quieres cambiar el artículo destacado, o las categorías... Tienes que entrar en distintas páginas, que se incluyen a través de las Plantillas en la portada.
- CSS y formateo. Algunas cosas están en CSS directamente en el código, otros elementos de formato están ubicados en otras páginas. En el caso de MediaWiki, la página es http://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki:Common.css
Espero haberte dado una buena orientación. Puedes preguntar alguna cosa más concreta y te echamos una mano.