Dudas sobre cgi-bin y base de datos...

[gnzsoloyo]

Las contraseña de la base de datos las administra la base de datos misma. Eso es algo que no debe preocuparte.
Ahora bien, las contraseñas para una web tal que sean administradas por la aplicación es conveniente que sean guardadas en una tabla al efecto, pero encriptada, para lo cual existen en todos los DBMS funciones específicas, a lo que debes agregarle lo que puedas desarrollar en la aplicación misma.
Respecto de la carpeta cgi-bin del servidor, como bien dices, mi mayor duda es si tienes permisos como para acceder a ella y modificar su contenido. Cuando se trata de un servidor propio, no es problema, pero si no, es posible que no puedas hacerlo. Los servicios de hosting no son muy generosos con los permisos.