Hola:
Bueno, supongo que esos cuadraditos tendrán asociado un script, del tipo cambiar_a("red")...
Puedes poner si tu esos cuadraditos tienen color transparente en las zonas que quieres cambiar el color, poner algo así:
function cambiar_a(color) {
document.body.style.backgroundColor = color;
}
Para el resto de las páginas, si están activas sería recorrer el sistema de frames, sino tal vez tengas que recurrir a cookies... tal vez debas aclarar mejor el problema.
Saludos
