Mira yo llamo una función desde otra página así.
Esto es lo que hay dentro de archivo.js
function pic (){window.open('http://forosdelweb.com','cuerpo');}
Código HTML:
<script type="text/javascript" src="http://otrapágina.com/archivo.js"></script>
<a href="javascript:pic()">Abrir esto, en este Iframe</a>
<iframe name="cuerpo" scrolling="no" frameborder="0" height="725" width="420"></iframe>