recuerda que el validador no comprende los comentarios condicionales, eso es cosa puramente de iexplorer. de modo que el validador ve lo siguiente.
Cita: <!--[if IE]>
<style type="text/css" media="screen">
<!--
@import url("../CSS/IE.css");
-->
<![endif]-->
<style type="text/css" media="screen">
<!--
@import url("../CSS/FF.css");
-->
</style>
lo marcado en verde es valido para el validador porque entiende que un comentario va desde el primero <!-- hasta el primer -->. lo marcado en rojo es donde te aparece error porque se encontro un cierre de comentario pero antes no encontro la apertura. solucion, remueve los comentarios internos de los STYLE.