¿Optimización temprana?.
La respuesta es: depende. Sentido común, ¿tu HTML es más HTML?, trabajarlo directamente será mejor. ¿Necesitas hacer mucho parseo de código, saliendo y entrando de PHP y metiendo lógica dentro del propio código?, un enfoque desde PHP será mejor ... Pero, ¿por qué no te preguntas que es más rápido para tí como desarrollador?.
PHP nació como un lenguaje embebido dentro de HTML y no deja de ser "feature", pero no siempre es buena práctica, de hecho, debería ser evitada.
La experiencia de carga del usuario se verá más afectada en la lógica de tu código, por un código bien optimizado. Afecta más la recuperación de información (acceso a BDs y lectura de disco) que el modo en que imprimes la salida. Cuando necesites optimizar esa lógica, ¿será más simple si tienes solo código PHP o código JavaScript, HTML, SQL y PHP revuelto?.
La optimización temprana es un error. Esto es, poner atención en ganar unos milisegundos imprimiendo de una y otra forma; es absurdo.
Si te preocupa tus tiempos de carga, hay cosas más importantes que tienes que atender: el manejo de caché, tanto en el cliente como en el servidor, evitar lecturas de disco, pre-compilar plantillas HTML (si se maneja algún sistema de templates, también recomendable), el envío de la información lo más comprimida posible ... es un tema amplio.
En resumen y enfocándose en tu pregunta: mo hay respuesta absoluta, todo depende, es un tanto de sentido común. Pero solo porque tendrías un código más mantenible y de fácil lectura, que te permitiría tener mejor ubicado dónde está qué cosa y que podría ser editado fácilmente, en principio, es mejor mantener el HTML lo más independiente posible, sin lógica involucrada.
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