Pues si... creo que debe ser cosa del paginator porque yo también aplique éste query a mi buscador pero tuve que quitarle el order by porque tampoco me reconocía el campo "puntuacion"
Código PHP:
$_pagi_sql="SELECT DISTINCT a.id, titulo, descripcion, autor MATCH (titulo,descripcion,autor) AGAINST ('%".$busqueda."%' IN BOOLEAN MODE ) AS puntuacion FROM libro a INNER JOIN tags b ON a.id=b.id WHERE MATCH (titulo,descripcion,autor) AGAINST ('%".$busqueda."%' IN BOOLEAN MODE) OR MATCH (tags_descripcion) AGAINST ('%".$busqueda."%' IN BOOLEAN MODE)";