Problema con php y script

[namen04]

Hola,
Estoy creando una web de tal manera que tengo por separado un archivo header y el resto de contenidos por separado todo en php, mi problema es que tengo un script dentro del header en el menu que funciona bien pero ahora quiero añadir dentro de uno de los contenidos otro script, lo que me ocurre es que este segundo script me funciona bien pero el del header dentro de esa hoja deja de funcionar. Me podeis ayudar?
Gracias