Pues como te decían, pon el .htaccess dentro del directorio de la aplicación con la que quieras que funcione, en vez de meterlo en el directorio raiz que creo que es donde lo has puesto ahora ¿no?
Si no, la forma de excluir directorios es algo como esto:
Código:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/directorio1/directorio2/