Por si a alguien le sirve, se pueden ejecutar de esta manera, si alguien conoce alguna forma mejor...
Código:
$ch=curl_init();
curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, "http://www.tuweb.com/el_archivo_a_ejecutar.php");
curl_setopt($ch, CURLOPT_HEADER, 0);
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, 1);
curl_setopt($ch, CURLOPT_FILE, $fp);
curl_exec($ch);
curl_close($ch);
fclose($fp);