Antes de poder contestar a tus dudas y algunas cosillas más....:
¿ Qué router es ?. ¿ tiene funciones de cortafuegos ?. Siendo el Windows Server 2008 un servidor de archivos, etc. ¿ como es que lo tiene directo al router ?.
Cita: "problemas de virus y de estar quitando lo que las personas usan diario"
¿ Tienes antivirus ?, ¿ qué es lo que ponen que tienes que quitar ?. ¿ están logeados como usuarios o con algún privilegio extra ?.
Cita: "programa que sirve para pasar los saves al Servidor"
¿ no se trabaja directamente contra el servidor (conm las archivos alojados en el) ?.
Cita: "Probe configurar una de las Tarjetas de red fija, pero igual los programas no se comunican ahora con esa nueva IP."
No debería ser así. Los programas deberían funcionar tanto si las IP son estáticas como si son dinámicas.