Hola,
No entiendo muy bien lo de "fuera del script". Esas variables están disponibles para todo el documento, así que puedes acceder a ellas cuando quieras. Pero si puedes explicarte mejor quizás la ayuda será mejor!
Por otro lado, para hacer lo que comentas del PHP, podrías hacerlo con un hidden:
<input type="hidden"></input>
A ese input le metes el valor que quieras pasar al PHP y te lo envías con un form por get o por post, como te de la gana.
Dependiendo de para que quieras hacer eso, también podrías hacerlo con AJAX, pero claro, como te digo, depende de para que quieras hacer eso...
De todas formas, por aquí en el foro seguro que encuentras varios posts sobre el tema, como por ejemplo
éste. Es un poco antiguo pero quizás (no me lo he mirado mucho) te sirve.
Espero haberte ayudado!
Saludos.