No es que cada uno lo utilice a su manera(se implementa de distinta forma). Solo hay un camino, (y voy a explicarlo para que se entienda):
1. El controlador sirve de eso : controlador (es el "bypass" entre el modelo y la vista)
2. El modelo es la capa de negocio(consultas a la bd, librerias, clases, recibe un request y envía la respuesta al controlador)
3. Y la vista es la que recibe los datos del controlador y la muestra.
Esto es MVC. El concepto es simple. Un ejemplo bien explicado quizás lo puedas encontrar acá usa las tres capas para mostrar datos de una bd
http://wiki.kumbiaphp.com/Como_hacer...aPHP_Framework
Está en base al Framework KumbiaPHP sería bueno que lo descargues y experimentes de nada sirven los conceptos si no se prueban.
Esto en base a lo estricto aunque no necesario, ya que en frameworks (Codeigniter por ejemplo) te da la libertad de poder literalmente destruir la idea MVC.