En photoshop el asunto, es si usas tintas solid/planas grabalo como multicanal para que te respete la separacion.
http://www.gusgsm.com/ficheros_multicanal_photoshop
Puedes usar ilustrator, corel indesign, quark ya sea tintas planas/solid o CMYK, en cuanto a tintas solid, al seleccionar el color puedes enviar el nativo en outline y pdf, como bien te indican no conviertiendo los colores a cuatricromía.
Si usas CMYK deja el negro K:100% y puedes sustituir el rojo por un M:100% para que se haga la separación automatica, pero indica a la imprenta el color de la guia que usará para el rojo.
mayneta
El asunto con las tintas planas es que si hay degradados pero este tiene que ser normal sin efectos interactivos de los programas como las transparencias, porque al hacerlo el programa automaticamente lo reconoce como CMYK.
Si se pueden sobreimprimir pero al hacerlo se genera un tercer color, porque no son semitransparentes como las Process (cuatricromía). y tienes que tener cuidado con los angulos porque en automático se filman a 45º tienes que mover el angulo para evitar el moiré.