Hola. Esta es la descripción del método query() de PDO el cual tiene varias variantes.
Descripción
Código PHP:
Ver originalPDOStatement PDO::query ( string $statement )
PDOStatement PDO::query ( string $statement , int $PDO::FETCH_COLUMN , int $colno )
PDOStatement PDO
::query ( string
$statement , int
$PDO::FETCH_CLASS , string
$classname , array $ctorargs )PDOStatement PDO::query ( string $statement , int $PDO::FETCH_INTO , object $object )
En tu ejemplo utilizas la primera variante, tu metodo query() de la clase Database es un wrapper al verdadero método query() de PDO y estas definiendo los demás parámetros por defecto como
null.