Lo que podrías intentar es forzar el formateo de la memoria.
En la Terminal o Símbolo del Sistema escribir:
Format F: (F es la letra de la unidad del pendrive)
Debería preguntarte si deseas formatear y le das que Sí. En caso de que te diga que no es posible y requiere un formateo forzado, también selecciona Sí.
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