puedes usar un str_replace ?
Código PHP:
Ver original$cadena = str_replace("<head>", "<head>\n<script type='text/javascript' src='carpeta/script.js'>\n", $cadena);
saludos!
aparte no es necesario que valla en header .. el <script> puedes ponerlo en otro lado y te funcionara igual
aunque no respetaras los estandares :3
lo otro que puedes usar es control de buffers
revisa
ob_start 