Hola,
Si estas tratando de enviar mensajes desde la masterpage, tienes que registrar
Lo que puedes utilizar es una funcion que se encargue de enviar el mensaje personalizado al usuario.
Por ejemplo te dejo la que utilizo
Código ASP:
Ver originalPublic Shared Sub CreateMessageAlert(ByRef aspxPage As System.Web.UI.Page, _
ByVal strMessage As String, ByVal strKey As String)
Dim strScript As String = "<script language=JavaScript>alert('" _
& strMessage & "')</script>"
If (Not aspxPage.ClientScript.IsStartupScriptRegistered(strKey)) Then
aspxPage.ClientScript.RegisterStartupScript(aspxPage.GetType, strKey, strScript)
End If
End Sub
'forma de llamarlo
' CreateMessageAlert(Me, "Hola pagina cargada", "strKey1")
Saludos