Porque esa función devuelve un entero representando la cantidad de días de diferencia...
Para obtener la diferencia expresada como tiempo, tienes que usar otras funciones:
Código MySQL:
Ver originalSELECT TIMEDIFF
('2010-05-03 00:00:01','2010-05-01 00:00:01') DIFERENCIA
; +------------+
| DIFERENCIA |
+------------+
| 48:00:00 |
+------------+