Código PHP:
<?php
if ($fila["numero"]=='loquesea')
{
?> <a href="pag1.php?cod= <?php echo $fila['id']; ?> '">lo que sea</a> <?php
}
else
{
?> <a href="pag2.php?cod= <?php echo $fila['id']; ?> '">lo que sea</a> <?php
}
?>
Tenías un ); de más. Te recomiendo no meter el código HTML dentro del php, es más rápida la ejecución del script si los tienes separados.
Saludos.