Bueno ya esta...muchas gracias el fallo era quitar etiquetas php del condicional y poner el arrglo entre comillas y punto '.$fila["id"].'
<?php
if ($fila["numero"]=='loquesea'));
{
echo '<a href="pag1.php?cod='.$fila["id"].'">Lo que sea</a>';
}
else
{
echo '<a href="pag2.php?cod='.$fila["id"].'">lo que sea</a>';
}
?>