Solucionado creo, la estaba liando con el nombre de la variable del botón.
He añadido este código y ahora parece que lo hace perfectamente, lo que no se cual línea es la buena de todas ellas
Código:
botonprogramacion.stop("sonidoboton");
botonprogramacion.sonido.stop("sonidoboton");
_root.sonido.stop();
_root.sonido.setVolume(0);
sonido.setVolume(0);
botonprogramacion.sonido.setVolume(0);
Tendré que mirarlo tranquilamente