Problemas PHP y HTML

[nanshan]

Hola, estoy haciendo una web y tengo un problema, tengo hecho todo un diseño en HTML pero ahora tengo un archivo con todas las funciones que quiero que realize, y no se como combinarlo, por ejemplo, si lo pongo al final del codigo HTML el codigo PHP funciona, pero si lo hago desde el principio deja de funcionar, y necesito que inserte datos en la parte de HTML la verdad que es la primera vez que hago esto, diseñar en HTML y cargar las funciones en PHP y mezclar ambos.
Si pongo el PHP al final, no puede recojer y poner datos en el codigo HTML que esta antes, estoy hecho un lio, ¿alguna forma de hacerlo?
Gracias por adelanto.