En Ilustrator colocar es la opcion de importar, ya sea que linke la imagen que la incrustes segun el criterio personal, yo prefiero la imagenes incrustadas en el documento.
El punto es usualmente cuando uso imagenes sin fondo las guardo como PSD y las coloca incrustadas, ahora no lo hago en capas, flateo la imagen dejando el fondo transparente (merge visible).
El trazado de recorte si es otra opcion pero tienes que crear la figura guardarla y demas chunches.
Trazados de recorte:
http://www.gusgsm.com/trazados_recorte