Bubblesort para un archivo

[extremoo]

Hola a todos bueno les comento.
tengo problemas para ordenar numeros aleatorios
me explico.

-generé un codigo que arrojara en un archivo N numeros aleatorios por ejemplo si pedia 5
me arroja de la siguiente forma.

8
100
5
85
1

con eso no tengo problema, ahora con otro codigo
la idea es la siguiente

que lea linea a linea el archivo y las compare mediante bubblesort
y arroge en otro archivo de esta forma.

1
5
8
85
100

me complica el manejo de archivos mas aun si necesito hace bubblesort comparando lineas en vez de numeros espero alguien pueda encaminarme para ayudarme un poco saludos