Hola:
La parte de javascript de Ajax, desde luego que no puede, pero puedes desde la parte del servidor (aunque debes tener cuidado con los permisos)
Por ejemplo una petición a un limpiador... y a la vez indicas el fichero a limpiar (según el caso podría ser opcional).
Ajax.open("get", "limpieza.php?archivo=listado.txt", true);
Luego en limpieza.php haces el trabajo sucio, tal vez con la función file que guarda el contenido del fichero como filas de un array... y el resto como sepas hacerlo.
Saludos
