Ayuda con arreglos en una clase

[FiruzzZ]

1ro: creo q esto te va dar un resultado indeseado (un vagón de mas); debería ser i < numVagones

Tren unTren = new Tren();
for(i=0;i<=numVagones;i++){
.......

2do: están los "nombre" de los campos (objectos) que contiene tu esquema de clases
Fijate...
creas una instancia de Tren tren1 = new Tren(int CantVagones)
este tren1 TIENE UNA COLECCIONES DE VAGONES q se llama "tren", es decir tren1.tren
lo cual está mal.
Lo mismo con Vagon -> Carga

3ro: tu constructor de Tren ESTÁ MAL

public Tren(int n){
tren = new Vagon[n];
}
ya que le estás pasando el mismo parámetro "n" al contructor de Vagon .. lo cual indica q siempre vas a tener la misma cantidad de Vagones que Cargas Y ESTE A vez hace lo mismo con el contructor de Carga...

Faltan Getters y Setters para moverte entre los atributos de los objetos.. y varias cosas mas.
Te recomiendo q te re-planteés mejor tu esquema de clases, jerarquía, herencia y dependencia de classes..