La verdad es que con la descripción que das del problema es difícil ayudarte.
Pero si lo que quieres es restar una cierta cantidad del valor de un campo de la tabla, lo que necesitas es una consulta de actualización.
Algo así:
Código MySQL:
Ver originalUpdate Mi_Tabla
set cantidad
=cantidad
-100 -- aquí iría tu cantidad where Mi_Tabla.Id
=1 -- aquí el ID del registro a modificar