hola, yo tengo el programa solo es añadir todos los ficheros a la web, inclusive esta el scritp que debes agregar si quieres contactame por email y te mando los archivos.
si tienes el escript ten en cuenta qeu debes tener los siguientes carpetas:
-cfg
-dist
-scripts
-uploaded
y por fuera de ella por un html o php con el siguiente script(este es el que va ejecutar la aplicación ej: index.html):
<applet
title="JUpload"
name="JUpload"
code="com.smartwerkz.jupload.classic.JUpload"
codebase="."
archive="dist/jupload.jar,
dist/commons-codec-1.3.jar,
dist/commons-httpclient-3.0-rc4.jar,
dist/commons-logging.jar,
dist/skinlf/skinlf-6.2.jar"
width="640"
height="480"
mayscript="mayscript"
alt="JUpload by www.jupload.biz">
<param name="Config" value="cfg/jupload.default.config">
Your browser does not support Java Applets or you disabled Java Applets in your browser-options.
To use this applet, please install the newest version of Sun's Java Runtime Environment (JRE).
You can get it from <a href="http://www.java.com/">java.com</a>
</applet>
guardas, y le das
www.tudominio.com/index.html y deberia iniciar la interface.
saludos,