Hola manu_cai.
Puedes darle el formato que deseas a tu DateTimePicker al inicializarse el form y tambien asignarle la fecha:
Código PHP:
Private Sub Form1_Load(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles MyBase.Load
DateTimePicker1.Format = DateTimePickerFormat.Custom
DateTimePicker1.CustomFormat = "yyyy/MM/dd"
End Sub
Saludos.