Fácil, no se puede, ya que te enfrentas a una paradoja: por un lado quieres que funcione, es decir que el programa cliente lo "vea", pero por otro quieres ocultárselo.
Si se lo ocultas al programa cliente, no funcionará. Y todo lo accesible a un programa cliente es accesible a sus usuarios.
Esto ya se preguntó muchas veces. Lo más cercano a tu objetivo es dificultar la lectura del código (
http://dean.edwards.name/packer/), pero cualquiera con un poco de paciencia podrá revertir eso.