El principal problema que vas a encontrar son las ips. al tener cada servidor una IP diferente, por lo que no basta con sincronizar, debes tambien realizar algunos cambios tanto a nivel DNS, como a varios archivos de configuración
En nuestro caso hemos resuelto el problema de las ips, lamentablemente no puedo dar detalles aún, pero puedo darte alguna pistas, vas a usar NAT o cada servidor tendrá IP públicas?
Puedes buscar /etc y /var/cpanel todos los archivos que contengan la IP publica de tu servidor, de esta manera tendrás una buena idea de lo que debes sincronizar y cambiar
Debes sincronizar:
/home completo
/var/cpanel
y los archivos de configuración de cada servicio
Sugiero que comiences por el servicio apache, ya que ya tienes resuelta la parte de MySQL, la parte más complicada será cPanel y correo electrónico
Aquí tienes una interesante lista que me sirvió mucho
http://g33kinfo.com/info/2009/06/29/...el-put-things/