No sé que podrá ser, pero en todo caso, la consulta del SELECT COUNT, estaba mal

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Código PHP:
Ver original$query = mysql_query("SELECT COUNT(r.id_usuario) AS cid FROM usuarios u, referidos r WHERE u.id=r.id_usuario"); echo $result['cid'];
El count tiene que hacerse a la tabla referidos, no a la tabla usuarios.
No recuerdo si es con mysql_fetch_array que se toman los valores devueltos de ese tipo de consulta... podrías tratar con mysql_fetch_assoc.
Prueba y me comentas.