el primero en todo caso será del mismo WP porque los plugins también van en wp-content
los js son idénticos salvo por 1 línea, la 20. ¿será eso?
parece que es una función
para evitar conflictos con otras librerías, y dice que si usas jQuery.noConflict(); necesitás hacer los llamados anteponiendo JQuery y no $
Revisa eso.
PD: muevo al foro de Frameworks de JS, esto no es problema de html.