Bueno, por ahora lo resolví con expresiones regulares:
Código PHP:
$archivo = file_get_contents("main_".$listLang.".php");
$patron = '/([^>])\?>/s';
$texto = preg_replace($patron, "$1\r".$writeContent."\r\n ?>", $archivo);
$pagina=fopen("main_".$listLang.".php", "w");
fwrite($pagina, $texto); //
fclose($pagina);