Mira si tu aplicacion solamente sera usada dentro de la empresa, si es asi, te recomendaria MySQL debido a que la licencia permite que puedas desarrollar aplicaciones para una empresa en particular (vender, aunque no estoy seguro si tienes que darles el codigo) y que ellos puedan usar sin comprar la licencia de MySQL, ya que no estas realizando la aplicación en masa, sino que es una aplicación para una empresa en particular.
Por ejemplo si hicieras un programa que pueda "servirle" a varias personas o empresas, entonces si tienen que comprar la licencia de MySQL.
Aqui hay un post donde explican un poco esto:
http://lists.mysql.com/mysql-es/1104
Espero que te sea de utilidad.