Cita:
Iniciado por pabloam 
¿En la nómina tendré indicado lo que tengo que pagar? ¿Será algo como: "A SS: X€"?
Habrá varios conceptos (base de cotización general, cotización por accidentes del trabajo y enfermedades profesionales, etc), que te deducirán de la nómina bruta. De esas cantidades no tienes ni qué preocuparte, pues la empresa las ingresa en la Seguridad Social en nombre tuyo.
Cita:
Iniciado por pabloam Pero no podré deducir lo de cuenta ajena, o tampoco en IRPF no puedo deducir pagos de SS como autónomo? Bueno y si ya estamos aqui lo que pagaré del IVA no se puede deducir en IRPF no?
Saludos.
El IVA es un impuesto que tu le cobras al cliente, para ingresarlo en Hacienda. Haces de mero recaudador por parte de Hacienda, y encima gratis. Por tanto, el IVA no es un gasto (a no ser que se trate de un iva no deducible, pero son raras estas excepciones).
En tu actividad como autónomo te puedes deducir los gastos necesarios para la obtención de esos ingresos (de los ingresos como autónomo), por lo que la cotización a la seguridad social, por supuesto que te la puedes deducir, porque es necesaria para el desarrollo de esa actividad.
Si en la empresa donde entres a trabajar te pagan 100 netos, realmente tu sueldo será 100+X+Y, donde X es la cotización a la seguridad social por cuenta del trabajador (lo que te sale en la hoja de salarios como cotización), y donde Y es la retención que la empresa ingresa en Hacienda. Tú cobrarás 100 netos, pero cuando hagas la declaración de la renta, tus ingresos serán 100+X+Y. Luego restarás los gastos (en este caso X), y al final, a lo que te salga a pagar (o a cobrar), deberás restarle lo que ya ha anticipado la empresa por tí, es decir, Y.
Un saludo.