Lo recomendable es que todo lo que sea de javascript este fuera de las etiquetas de PHP. Sí se puede hacer lo que estás indicando. Pero se recomienda hacerlo como te indique para que el interprete no tenga que interpretar código innecesario. Todo aquello que sea de HTML o javascript o CSS, etc. se debe colocar fuera de las etiquetas de PHP.
Código PHP:
Ver original<?php
//código de php
?>
<script type='text/javascript'>
//código de javascript
</script>