Los comentarios en las tablas, lo mismo que en los campos, se definen únicamente en el momento de crearlas, por lo que solamente se puede agregar o modificar el COMMENT de la estructura de la tabla usando ALTER TABLE:
Ahora bien, las sentencias DDL no son sentencias para sar todo el tiempo. Son sentencias para definir estructuras que afectan de forma permanente el funcionamiento de las bases de datos que se trabajan, y además solamente debe hacerlo la persona encargada de la administración y diseño de la base misma.
Además, el COMMENT de una tabla es inaccesible en las consultas, por lo que solamente tiene uso a nivel de diseño de bases de datos. Únicamente las tablas del motor FEDERATED usan este COMMENT para almacenar la información de referente al host.
¿Es esa la situación? ¿Estás usando tablas FEDERATED?