Para entendernos podemos llamar las cosas así:
- librerias (o frameworks también).
- plugins
- scripts
La librería es jquery (existen otras, por ejemplo Mootools). Y se incluye así:
<script type='text/javascript' src='javascripts/jquery.min.js'></script>
Los plugins se incluyen de igual manera, y sirven para cosas determinadas. Por si mismo rara vez hacen algo. Para que hagan algo hay que "llamarlos" o "inicializarlos", y esas llamadas las hacen los scripts.
Los scripts, si son cortos, suelen dejarse en la pagina principal. No en archivos aparte. Lo que hacen es, entre otras cosas, poner a funcionar los plugins.
