Tú problema es más bien con javascript que con PHP. No estas indicando correctamente los valores a tomar en el código de javascript
uno = document.autoSumForm.calif1
$i.value;
dos = document.autoSumForm.calif2
$i.value;
tres = document.autoSumForm.calif3
$i.value;
Estás mezclando conceptos de PHP con javascript. Si vas a usar PHP dentro de javascript, tienes que indicarle al interprete de PHP donde debe comenzar a evaluar lo de PHP.
Código PHP:
Ver originaluno = document.autoSumForm.calif1<?php echo $i; ?>.value;
dos = document.autoSumForm.calif2<?php echo $i; ?>.value;
tres = document.autoSumForm.calif3<?php echo $i; ?>.value;
Aún esa variable (
$i) no la veo declarada anteriormente con su respectivo valor, así que eso te retornará vacío. Acuérdate separar lo que corresponde a PHP de javascript y viceversa.