Hola:
Podría ser cosa javascript, pero también la forma de plantear la consulta mysql...
Si hay más de una condición de búsquedas, deberías generar la consulta uniéndolas con un AND... yo suelo crear un array con las posibles condiciones (en php), y luego con la instrucción explode genero la consulta:
"... where ".explode(" AND ", $condiciones);//...
Con javascript puedes enviar o no las condiciones, pero lo importante es como se reciben... pueden ser valores vacios ($_GET["condicion_1"] == ""), o si los valores existen... empty/isset($_GET["condicion_1"])
Saludos