lamentablemente tienes que rediseñar tu aplicación... en todo caso la pregunta sería, ¿todas las funciones que se repiten son idénticas??
si la respuesta es si, entonces procura sacarlas todas de ahí y agruparla en un include aparte.... así, antes de procesar todo incluyes la librería con tus funciones y todos felices... (:
en caso de que sean funciones realmente especificas -
que no lo creo- puede crear condicionales para declarar o no las funciones
Código PHP:
if ( ! function_exists('foo'))
{
function foo()
{
// ...
}
}