entiendo...
en realidad es sencillo lo que necesitas, y eso va a depender del contexto en que piensas ejecutar dichos scripts...
si el contexto es el mismo que en el que estás creando el ZIP, entonces puedes usar buffers:
Código PHP:
// ...
ob_start();
include 'foo.php';
$bar = ob_get_contents();
ob_end_clean();
// ...
de ese modo estarías capturando el contenido de la evaluación en el mismo contexto de tu script... sin afectarlo gracias al uso de buffers...
si no es necesario el contexto puedes encapsular dicha implementación y escribir alguna función para ello, que es al final parte del concepto de
View bajo el patrón MVC (
y de hecho usar alguna clase para eso sería lo ideal)