Lo que pasa es que para eso tienes tu carpeta de library, crea ese controller con un namespace en tu library, por ejemplo:
/library/My/Controller/Base.php:   
Código PHP:
Ver original- class My_Controller_Base extends Zend_Controller_Action 
- { 
-          //... snip 
- } 
Luego en tu application.ini indicale que cargue las cosas de My usando: 
Código:
 autoloaderNamespaces[] = "My"
  Entonces con eso ya puedes heredar tus controllers de My_Controller_Base, y es más limpia esa forma de implementarlo. 
Saludos.