Cita:
Iniciado por Nano_ 
Tengo programado un cron que ejecuta un programa php con wget y necesito pararlo
¿el cron o el wget? Si es el wget, estudiá la opción que te mencionó AleSanchez.
Si es el cron, basta con editar tu crontab y comentar la línea que lanza el programa.
Cita:
Iniciado por Nano_ y poderlo parar sin necesidad de reiniciar el servidor.
Podés hacer todo lo que se te ocurra sin necesidad de reiniciar. Si tenés que reiniciar, es o porque algo anda mal en tu sistema, o porque hay una forma que desconocés
Saludos.