El CSS no tiene nada que ver en este caso.
Lo que hago tanto en Drupal, Joomla! y Wordpress, pues en el header.php en las etiquetas <head> </head> coloco lo siguiente:
Puedes trabajar tambien con la ruta relativa del .ICO o con la ruta completa.
Después de ello te darás cuenta que sale:
Pero no te olvides de guardar los cambios y por supuesto borrar todos los cookies del Internet Explorer y por supuesto trabaja con el IE 7 o superior.
Erick Ragas